jeudi 17 janvier 2008 à 15:04

Un jour sans fin !

Par Sophie Mouge. Correspondante sur l'Aurora Australis

Bonjour, je m’appelle Catherine Ozouf. Je suis cytogénéticienne, c'est-à-dire que j’étudie les chromosomes des poissons téléostéens. Je m’intéresse, depuis une vingtaine d’années, plus particulièrement, à ceux des espèces antarctiques. Je suis également chef d’équipe à bord et je vous propose de partager une de mes journées !


23h30 - Mon réveil sonne. Je saute du lit, démarre mon ordinateur puis me précipite sous la douche : un excellent moyen de me réveiller !

Catherine se coiffe dans sa salle de bain.


Je dispose de dix minutes pour me préparer et d’un quart d’heure pour relever tous mes courriels accumulés pendant la soirée. Je trie les urgences que je traiterai entre deux chalutages…

00h00 - Je descends dans le laboratoire humide (wet lab) pour venir aux nouvelles. Quand le travail de tri est en cours, j’y reste et je participe à la minutieuse opération.

Catherine et Bernard trient le benthos dans le laboratoire humide.


Souvent, c’est l’occasion pour tous de profiter d’une boisson chaude et d’un petit encas en échangeant des commentaires sur les récoltes des douze dernières heures. Samuel et Bertrand me transmettent les informations nécessaires afin de prendre la suite pour le quart à venir.

Entre 1h00 et 12H00 - Lorsqu’un chalut arrive sur le pont, son contenu est tamisé par Fred et Marc. Pour cette laborieuse opération, ils sont aidés par des collègues australiens. Les poissons sont rincés puis très vite placés dans un bac d’eau de mer courante avant d’être analysés ou mis en aquarium en vue de manipulations ultérieures.

Vous avez dit ‘poissons’ ?

Le terme "poisson", vous dirait mon collègue Guillaume Lecointre, correspondant CEAMARC au Muséum national d'Histoire naturelle, est un terme culinaire et non scientifique. Il désigne plusieurs groupes distincts, sans apparentement direct, dont deux principaux : les Chondrichtyens, poissons cartilagineux (raies et requins…), et les Téléostéens, poissons osseux (truite, poisson des glaces…). En fait, les Téléostéens sont plus proches parents des mammifères qu’ils ne le sont des Chondrichtyens. En d’autres termes, la truite ou le poisson des glaces sont plus apparentés à l’homme qu’ils ne le sont aux requins !


Avec l’aide de Fred, je m’occupe essentiellement des poissons téléostéens. Ces derniers font l’objet d’un certain nombre de mesures et de prélèvements avant d’être conservés dans le formol. Nous travaillons en parfaite harmonie : l’un les mains dans l’eau et l’autre les mains au sec !

Je donne un coup de main pour trier le benthos seulement quand il me reste du temps entre deux chaluts. Comme pour l’équipe « benthos » de CEAMARC, chacun des ichtyologistes à bord travaille non seulement pour son groupe, mais également pour le compte d’autres spécialistes, qui se pencheront plus tard sur la taxonomie, la phylogénie et l’écologie des organismes récoltés.

7h30 - petit break de 10 minutes. Nous nous relayons deux par deux pour prendre notre petit-déjeuner. Quand nous manquons l’heure officielle (ce qui nous prive des eggs & bacon !), nous nous rattrapons avec les restes et quelques tartines. Nous avons toujours quelque chose à grignoter et nous pouvons nous préparer des boissons chaudes.

Les chalutages se succèdent parfois si rapidement que nous n’avons pas le temps d’achever le travail sur les poissons téléostéens entre deux opérations. Lorsque nous sommes débordés, Marc laisse Bernard terminer le tri du benthos et nous propose son aide.

12h00 - Nous quittons les lieux et laissons place à l’équipe de jour qui arrive quelques minutes avant pour s’informer des tâches qui restent à effectuer. Nous nous dépêchons de déjeuner car le service s’achève à 12h30.

Chaque jour, pendant l’heure du déjeuner ou à l’occasion d’un café, nous discutons avec le chef de mission du planning des opérations des 24 heures à venir. Parfois, nous montons ensemble à la passerelle pour regarder les cartes bathymétriques et consulter les données satellitaires.

13h00 – Je commence ma seconde journée ! Pour moi, elle débute par un café très serré qui me permet de garder les yeux ouverts. Je m’installe dans le laboratoire 2 où j’effectue les préparations chromosomiques des poissons téléostéens stockés en aquarium. Afin de gagner du temps, Stefan et moi organisons un véritable travail à la chaîne, manipulant à tour de rôle les mêmes spécimens qui servent à nos objectifs respectifs.

Catherine et Stefan travaillent ensemble dans un laboratoire exigu.


Comment visualiser les chromosomes d’un poisson ?

Une dissection du poisson permet d’accéder à certains organes tels la rate ou le rein, riches en cellules en division.

Catherine prélève la rate et le rein céphalique d’un poisson Notothénioïde.


Je dissocie les cellules de ces organes puis je les fais se multiplier dans un milieu de culture pendant plusieurs heures. Je bloque ensuite le processus de division cellulaire à un stade où les chromosomes sont très visibles (métaphase). Ensuite, je fais éclater les cellules pour en récupérer les chromosomes que je colore afin de pouvoir les observer au microscope.

Mon travail vise à identifier les remaniements chromosomiques qui se produisent au cours de la diversification des espèces de Notothénioïdes antarctiques. Ces remaniements peuvent affecter le nombre ou la forme des chromosomes (caryotype) ainsi que leur structure fine (localisation de gènes ou séquences particulières dans l’ADN dont ils sont constitués).

Observations microscopiques de chromosomes effectuées sur trois Notothénioïdes à sang rouge (présence du gène de la globine mais dans des paires de chromosomes différentes) et un Notothénioïde sans hémoglobine - poisson des glaces (absence du gène globine). La flèche verte pointe vers le gène de la globine.


J’étudie leur tempo d’apparition pour comprendre de quelle manière les génomes évoluent au cours du temps. Par exemple, chez le genre Trematomus, la diversification chromosomique est massive et s’est produite sur une période d’environ trois millions d’années, ce qui est peu.

17h00 – Je dédie cette période à des tâches plus «administratives ». Je rédige des rapports et des bilans de mission. Nous avons réalisé au cours de cette campagne 82 stations, 106 chalutages, 78 CTD, des vidéos ou images fixes ont été prises pour pratiquement toutes les stations, trié des tonnes d'animaux (450 prélèvements ont été effectués pour le Barcode poissons). Ensuite, je discute avec Sophie du journal de bord. Je prends enfin un peu de temps pour répondre à mes courriels, …

Catherine travaille aux côtés de Romain, dans la salle de conférences.


18h00 – Il me faut penser maintenant à dormir… La nuit sera courte mais heureusement, je n’ai pas besoin de beaucoup de sommeil.

Et de temps en temps, pour récupérer, je m’offre une après-midi sans caryotype !

Pour aller plus loin...


Il existe plusieurs méthodes pour préparer les chromosomes. Toutes ont pour finalité d’obtenir des cellules au stade métaphasique de la division cellulaire, lorsque les chromosomes, répartis sur la plaque équatoriale sont le mieux séparés les uns des autres.
Pour cette campagne, j’utilise essentiellement un protocole de culture cellulaire. Je choisis des tissus susceptibles de produire un grand nombre de divisions cellulaires: le rein céphalique, dans lequel sont générées les lignées de cellules sanguines, et la rate, dans laquelle se divisent les lymphocytes. Je mets ces cellules en suspension dans des flacons spéciaux, remplis d’un milieu de culture synthétique, enrichi en sérum, dans lesquels j’ajoute un produit mitogène (la concanavaline A), et je les cultive dans un incubateur à +2°C. Au bout de 5 à 6 jours, j’ajoute de la colchicine dans les flacons pour bloquer les cellules au stade métaphasique et je la laisse agir pendant au moins 6h. La colchicine casse les microtubules et empêche les chromosomes en plaque équatoriale de migrer vers les pôles. Ensuite, je récolte les cellules par centrifugation et les transfère dans un liquide hypotonique (KCl) pour leur faire subir un choc osmotique, casser leurs parois et libérer leur contenu.
La suspension cellulaire est à nouveau centrifugée, et le liquide hypotonique remplacé par du fixateur (mélange de méthanol et d’acide acétique), avant d’être étalée sur des lames microscopiques, colorée, observée à fort grossissement. Le caryotype est réalisé à partir de plusieurs photographies des métaphases. Les chromosomes sont classés par paires et par catégories en fonction de la position du centromère (métacentriques, télocentriques…). Le nombre et la formule ainsi établis définissent le caryotype d’une espèce.
Sur ces préparations chromosomiques, il est possible de localiser des gènes par la méthode d’hybridation in situ en fluorescence.

Commentaire

 

1. Le mardi 22 janvier 2008 à 12:48, par Anne Chenuil

Bon courage Catherine,
avec tes 5 heures 30 de sommeil, tu me donnes envie de bailler !
Merci pour ces nouvelles, en plus de ton travail.
Bon courage

Anne

Ajouter un commentaire

Les commentaires pour ce billet sont fermés.